I think that the complete lyrics consists of seven stanzas, but I was not able to transcribe it. Some performers sing six of them, the first voice singing the first stanza and the second voice, simultaneously singing the second, then the stanzas 3 and 5 and finally the stanzas 4 and 6. Roberto Pla writes, in the notes for the Llibre Vermell 1968 recording, that this is not the right way to perform the piece. He thinks that both voices should sing the same text.

1. Inperayritz de la ciutat ioyosa.
De paradis ab tot gaug eternal.
Neta de crims, de virtutz habundosa.
Mayres de dieu per obra divinal.
Verges plasen ab fas angelical.
Axi com sotz a dieu molt graciosa.
Placaus estar als fizels piadosa.
Preyan per los al rey celestial.

2. Verges ses par misericordiosa.
De vos se tany quens defenatz de mal.
E no siats devas nos endenyosa.
Pels falliments que fem en general.
Mas quens cubratz ab lo manto real.
De pietat pus quen etz cupiosa.
Car totz em faytz davol pasta fangosa.
Per quel fallir es de carn humanal.

Spanish translation (from source #3):

"1. Emperatriz de la jubilosa ciudad, limpia de crímenes en el Paraíso en el gozo eterno, abundante de virtudes, Madre de Dios por obra divina, virgen placentera de rostro angélico: así como sois muy graciosa a Dios, quered mirar hacia los piadosos fieles, rogando por ellos al Dios celestial.
2. Virgen sin par misericordiosa: es propio de Vos que nos defendáis del mal y que no seáis desdeñosa para con nosotros a causa de los pecados que generalmente cometemos, sino que nos cubráis con vuestro real manto de piedad, puesto que de ella tenéis abundancia, ya todos estamos hechos de humilde pasta de barro, pues el pecar es propio de la carne humana."

Sources:

1. Llibre Vermell de Montserrat (edition nimmersêlich, 2005) - http://www.spielleut.de/Noten/Edition_Llibre_Vermell.pdf - with music scores, texts and German translations, based on the facsimile images in http://www.lluisvives.com/servlet/SirveObras/jlv/78004675091293806999979/

2.  http://www.rialc.unina.it/0.62.htm based on Barbara Spaggiari: "La 'poesia religiosa anonima' catalana o occitana", Annali della Scuola Normale Superiore di Pisa, 1977.

3. Confederación Coral Española: "Repertorio I", Madrid, 1992, based on an edition by Higini Anglès.

4. José Luis Ochoa de Olza (director): "La música en Cataluña hasta el siglo XIV". Hispavox, Madrid, 1968 (recording).